В соответствии с Положением о Территориальном органе Федеральной службы государственной статистики по Челябинской области в структуру организации входят 3 заместителя руководителя, помощник руководителя, а также 15 отделов аппарата по основным направлениям её деятельности и 1 отдел государственной статистики в городе Челябинск. Кроме того, деятельность Челябинскстата обеспечивают 3 отдела, отвечающих за оказание информационно-статистических услуг; ведение административной части статистического регистра в АС ГС ОФСН; хозяйственную деятельность.